Zu dem Thema bin ich nochmal in mich gegangen(hab das ja mal studiert):
Es gibt durchaus Beispiele für S-Bahnen mit Doppelstockzügen mit Lok:
In Zürich wird man in Zukunft auf Doppelstock-Triebzüge umrüsten (KISS – „komfortabler innovativer spurtstarker S-Bahn-Zug“)
Warum werden von der VRN keine Doppelstockzüge eingesetzt? Am Lichtraumprofil kann es eigentlich nicht liegen. Die S-Bahn fährt im Mischbetrieb auf bestehenden DB-Strecken. Dort sollte überall genug Raum „nach oben“ sein. Was anderes ist das z.B. im Frankfurter S-Bahntunnel. Doppelstockzüge eignen sich aber eher für eine etwas andere Streckencharakteristik mit längeren Haltestellenabständen (wie RE, der S-Bahnbegriff ist halt dehnbar). Selbst Doppelstock-Triebzüge werden nie die Beschleunigungswerte der 1-stöcker erreichen. Außerdem geht der Fahrgastaustausch nicht so reibungslos. Es könnte passieren, daß die eingestiegenen Reisenden noch auf der Treppe stehen und die nächsten wollen schon wieder aussteigen.
Würfelreisen 
Nebenbei gibt es keine DoStos die an Bahnsteigen mit 76cm einen barrierefreien Zustieg gewährleisten. Diese Fußbodenhöhe wird aber auf der S-bahn Rheinneckar benötigt. In Ostdeutschland oder in der Schweiz (wie übrigens auch bei den neueren Stationen der Karlsruher Stadtbahn) herrscht die Bahnsteighöhe 55cm vor. Da kann man mit Niederfluhr-Dostos einen ebenerdigen Einstieg erreichen.
Auch die Werkstätten in Lu müssten wohl komplett umgebaut werden. Dies könnte allerdings auch bei einen Betreiberwechsel blühen.
Übrigens: Zumindest durch den Münchener S-Bahn Tunnel passen Doppelstockzüge. Da hat man mal einen Versuch mit niederländischen Wagen gemacht der kläglich scheiterte.